Возможно и так, и так: по смыслу, "уничтожьте" - это директива, "уничтожите" - императив.

А атмарский генерал - это не антагонист и не протагонист. Это волшебный помощник главного героя, вроде Серого Волка или Сивки-Бурки ("Не убивай меня, Торвен-эффенди, я тебе ещё пригожусь!"). В положении "Добрыни Никитича, перед которым вместо объявленного Идолища Поганого вдруг очутился сам злобный бог Локи", без "волшебного помощника" никак не обойтись. Тем более что уже хорошо ясно - смерть главного антагониста - в яйце, яйцо - в штанах, а штаны ещё разыскать сперва надо...